El sistema de cloacas se encarga de transportar, a través de caños y conductos, los líquidos residuales domiciliarios. Es una red subterránea que evita el uso de pozos negros y otros sistemas de tratamiento de residuos orgánicos a más del 95% de los nicoleños. Los desechos son derivados hacia las plantas de tratameinto donde se someten a procesos de depuración que evitan un impacto negativo en el medio ambiente.
El partido de San Nicolás cuenta con un total de cinco plantas de tratamiento de líquidos cloacales, distribuidas en zona norte, zona sur, La Emilia, Erézcano y Parque Industrial Norte.
Estas plantas cuentan con personal operario, técnico y químico que garantiza el correcto tratamiento de los efluentes, logrando que no se derramen residuos cloacales al río. Los controles de calidad en cada uno de los procesos y la tecnología aplicada son fundamentales en el funcionamiento de estas plantas consideradas modelo.